Kisah Rurouni Kenshin berlangsung selama awal era Meiji di Jepang. Ini bercerita tentang seorang pengembara bernama Himura Kenshin damai, sebelumnya dikenal sebagai pembunuh bayaran "Hitokiri Battōsai". Setelah mengikuti selama perang Bakumatsu, Kenshin mengembara pedesaan Jepang menawarkan perlindungan dan bantuan kepada mereka yang membutuhkan sebagai penebusan atas pembunuhan ia pernah dilakukan sebagai seorang pembunuh. Ketika tiba di Tokyo pada tahun 11 Meiji (1878), ia bertemu dengan seorang wanita muda bernama Kamiya Kaoru, yang berada di tengah berkelahi dengan seorang pembunuh yang mengklaim sebagai Battōsai Hitokiri dari sekolah swordmanship nya. Kenshin memutuskan untuk membantu dan mengalahkan Battōsai palsu. Setelah menemukan bahwa Kenshin adalah Battōsai nyata, ia menawarkan kepadanya tempat tinggal di dojo saat dia catatan Kenshin adalah orang lembut, bukan. Kenshin menerima dan mulai menjalin hubungan seumur hidup dengan banyak orang seperti Sanosuke Sagara, seorang Sekihō mantan anggota Angkatan Darat; Myojin Yahiko, seorang yatim piatu berasal dari keluarga samurai, dan seorang dokter bernama Takani Megumi. Namun, ia juga berurusan dengan bagiannya secara adil dari musuh, baru dan lama, termasuk saingannya dari Bakumatsu Saito Hajime dan mantan pemimpin dari Oniwabanshū, Shinomori Aoshi.

Setelah beberapa bulan tinggal di dojo, Kenshin menemukan bahwa penggantinya sebagai pembunuh bayangan, Shishio Makoto, rencana untuk menaklukkan Jepang dengan menghancurkan Pemerintah Meiji, dimulai dengan Kyoto. Merasa bahwa teman-temannya mungkin akan diserang oleh faksi Shishio's, Kenshin pergi menemui Shishio sendiri dalam rangka untuk mengalahkan dia. Namun, banyak dari teman-temannya, termasuk Oniwabanshū muda bernama Makimachi Misao, memutuskan untuk membantunya dalam perjuangannya. Dia memutuskan untuk menerima bantuan mereka dan mengalahkan Shishio dalam perkelahian, yang meninggal dalam proses karena kenaikan suhu tubuh disebabkan oleh luka bakar nya. anime manga mengadaptasi sampai bagian, kemudian menampilkan busur cerita baru yang tidak ditampilkan dalam manga. [2]

Ketika Kenshin dan teman-temannya kembali ke Tokyo, Kenshin menemukan Yukishiro Enishi, yang berencana untuk membalas dendam dengan membunuh teman-temannya. Pada titik ini ia mengungkapkan bahwa, selama Bakumatsu, Kenshin digunakan untuk menikah dengan seorang wanita bernama Yukishiro Tomoe, yang awalnya ingin membalas kematian tunangannya, yang telah membunuh Kenshin, tetapi keduanya jatuh cinta dan menikah. Hal ini kemudian menemukan bahwa Tomoe adalah bagian dari sebuah kelompok pembunuh yang ingin membunuh Kenshin, dan Tomoe yang dikhianati oleh mereka dan ditangkap untuk digunakan sebagai umpan. Kenshin bergegas untuk menyelamatkan dia, membunuh kedua penyerangnya dan tanpa sengaja Tomoe, yang melompat pada saat-saat terakhir untuk menyelamatkan Kenshin dari serangan yang fatal. Ingin membalas dendam atas kematian adiknya, Enishi menculik Kaoru dan meninggalkan sosok disiksa membawa kemiripan yang menakjubkan dari gadis untuk Kenshin untuk mencari dan sejenak berduka atas. Setelah menemukan bahwa Kaoru masih hidup, Kenshin dan teman-temannya ditetapkan untuk menyelamatkannya. Pertempuran antara Kenshin dan Enishi berikut dan ketika Kenshin menang, ia dan rumah Kaoru kembali. Lima tahun kemudian, Kenshin telah menemukan kedamaian sejati, ia menikah dengan Kaoru dan memiliki seorang putera bernama Himura Kenji.